Sejak tahun 1932 hingga tahun 1972 di mana para suster Sang Timur hadir di Indonesia, karya telah dimulai dan telah dilaksanan namun belum memiliki Yayasan. Semua karya yang telah didirikan ditangani langsung oleh biara yaitu pimpinan (Vice Provinsi).

Pada saat masa perang Jepang dan sekutu, sekolah-sekolah yang ditangani oleh para Misionaris, bernaung di bawah Keuskupan Malang. Kondisi politik Indonesia pada sat itu sangat labil. Namun, karya-karya biarawan/wati cukup berkembang dengan pesat.

Mgr. FX. Hadisoemarto mengkhawatirkan keberlangsungan karya-karya para biarawan/biarawati tersebut, mengingat pada umumnya penanganan karya masih dirangkap oleh para pemimpin biara. Misalnya masalah-masalah sekolah langsung ditangani oleh Provinsial. Belum ada orang yang ditunjuk khusus menangani bidang karya.

Mgr. FX. Hadisoemarto menginginkan agar dibentuk adanya Yayasan, untuk mengantisipasi jika dikemudian hari apabila terjadi tekanan politik atau hal-hal lain yang mengakibatkan Sang Timur tidak boleh berkarya maka para susternya sendiri bisa berkarya di Yayasannya sendiri.

Sejak tahun 1972 berkas-berkas dan segala keperluan untuk pembentukan suatu Yayasan telah dipersiapkan oleh Sr. Agustina PIJ. Nama-nama sekolah kita pada saat itu menggunakan nama santo-Santa. Misalnya Pasuruan menggunakan nama Clara Fey, SDK Batu dengan nama Santa Maria dan Santo Yosef, Sumenep dengan nama Santo Yosef.

Tanggal 25 Maret 1975 secara resmi telah menerima akte notaris Yayasan dengan nama YAYASAN KARYA SANG TIMUR, dengan alamat kantor Jl. Mayjend Panjaitan No 1 Malang. Sejak saat itu semua sekolah yang bernaung di bawah Yayasan Karya Sang Timur berubah dengan nama Sekolah Sang Timur.

Sejak berdiri hingga tahun 2012 Yayasan Karya Sang Timur membidangi 3 (tiga) hal pelayanan yaitu: Pendidikan, Kesehatan dan Sosial. Namun sejak April 2013 karya Kesehatan dan Sosial diberi wadah tersendiri yaitu karya Kesehatan di bawah naungan Yayasan Servita Serjati, sedangkan sosial di bawah naungan Yayasan Clara Fey.

Mengingat luasnya wilayah pelayanan, maka Yayasan Karya Sang Timur membentuk Yayasan Perwakilan. Hingga saat ini terdapat 3 perwakilan yaitu: DIY Jateng, DKI – Banten dan Flores.

Adapun urutan Ketua Yayasan Karya Sang Timur yaitu:

• Sr. Agustina PIJ : 1975 – 1985
• Sr. Inigo PIJ : 1985 – 1988
• Sr. Serafien PIJ : 1988 – 1991
• Sr. Inigo PIJ : 1991 – 2003
• Sr. Kristella PIJ : 2003 – 2015
• Sr. Sylvia PIJ : 2015 – 2017
• Sr. Annunciata PIJ : 2017 – 2023
• Sr. Melania PIJ : 2023 – …